基本的に特別な作業は必要ありませんが、うまく動作しない場合に次を確認してください。
SITE_URL
/ SSL_URL
にセットされているURLにサブフォルダが含まれいている事SITE_URL
/ SSL_URL
にセットされているURLの最後がスラッシュで終わっている事2箇所の .htaccess の RwriteBase の設定に サブフォルダのパスを記述
# /.htaccess
RewriteBase /subdir
# /webroot/.htaccess
RewriteBase /subdir